皖南医学院1979年经卫生部、教育部批准开始招收硕士研究生，招收研究生的学科专业主要是神经病学、药理学、中医内经学。1981年，我国恢复学位制度，我校成为首批获得国务院学位委员会批准的、具有学士学位与硕士学位授予权的单位，神经病学、药理学、中医内经三个学科专业获得硕士学位授予权。在其后申请硕士学位授予权学科专业中，我校生理学、外科学、妇产科学、中西医结合基础、法医学、病原生物学、影像医学与核医学、神经生物学、肿瘤学、麻醉学、外科学、应用心理学、内科学、病理学与病理生理学等16个学科专业相继获得了硕士学位授予权。2000年我校还被批准为临床医学专业学位授予的试点单位。目前，我校现有导师150余名，招生规模达200余人，在校硕士研究生502人，在职攻读硕士学位研究生42人，同等学力在职攻读临床医学硕士专业学位学生310人。
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自1979年开始招收攻读硕士学位研究生以来、在校党委和行政的正确领导下,围绕“做大做强”的思路，大力发展研究生教育，进一步加强学科、学位点建设，导师队伍建设，研究生教育管理等各个方面工作;进一步协调研究生教育规模与质量提高之间的关系，坚持“以人为本”，以全面提高研究生培养质量作为研究生教育发展的终极目标，积极引导全体研究生、研究生导师及管理人员广泛地参与研究生教育改革与发展的各个领域。通过一代代皖医人的不懈努力，使皖南医学院的研究生教育走上了一个新的台阶，并发挥了我校作为区域性医学高等学校教书育人单位的作用，为医疗卫生事业培养了大量高端人才，做出了应有的贡献。
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