2006年1月25日，国务院学位委员会下发学位〔2006〕4号文件《关于批准新增博士、硕士学位授予单位的通知》，我校喜获国家第十次新增硕士学位授权单位，并取得捕捞学、海洋生物学2个学位点授权资格。获得硕士学位授予权是我校建校近半个世纪以来学校发展史上里程碑式的跨越，是学校不断提升办学层次、加快向教学研究型大学转变的重要基础。
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2008年6月3日，根据国务院学位办〔2008〕33号文件《关于2008年招收在职人员攻读硕士学位工作的通知》，浙江海洋学院被批准为农业推广硕士新增单位，并获渔业、农村与区域发展、食品加工与安全3个领域专业学位授予权。2008年起开始面向全国招生，主要服务于浙江。专业学位研究生教育是全日制研究生教育的重要补充，主要招收国民教育序列大学本科毕业1年以上、专科3年以上的具有相关实践经验的在职人员。校内主要涉及渔业学院、海洋科学学院、食品与药学学院、经济管理学院、公共管理学院、人文学院、海洋与渔业研究所等7个单位。
为进一步扩大学校研究生教育规模，提升研究生教育层次，学校鼓励没有硕士点的学科积极开展与兄弟院所的合作，自1995年以来，先后与原浙江农业大学、中国海洋大学、河海大学、厦门大学、国家海洋局第二海洋研究所等单位签订协议，联合培养硕士、博士研究生。近年来，已有10余个学科的20余名教学科研人员分别被其它单位聘为研究生指导教师，已指导研究生近70名，目前尚在联合培养博士生3名、硕士生7名，积累了丰富的研究生培养经验。
2007年起浙江海洋学院开始面向全国招收硕士研究生，其中2007年国家规模指标11人，实招14人，捕捞学6人、海洋生物学8人;2008年国家规模指标25人，实招捕捞学8人、海洋生物学17人;2009年拟招生50人。捕捞学学位点由2007年开始招生的“渔具理论和渔业技术、渔业资源评估与管理、渔业生态环境”3个方向，2008年增扩“渔船装备与技术、渔业经济”2个研究方向，研究生教育涉及单位由原来的渔业学院、海洋与渔业研究所，再增加船舶与建筑工程学院、机电工程学院和经济管理学院;海洋生物学学位点由2007年的“海洋生物生理生态学、海洋生物资源开发利用、养殖生物学与养殖工程技术”3个方向，2008年增扩“海洋生物化学与分子生物学”方向，涉及单位主要为海洋科学学院、食品与药学学院。包括研究生公共基础教育涉及的外国语学院、社会科学部、数理与信息学院等共涉及学校10个单位，大大拓展了研究生教育在学校的开展。
我校硕士研究生指导教师通过两次遴选，现有导师30名，其中海洋生物学18名，捕捞学12名。为了提高指导教师的水平，学校组织对指导教师进行培训，进一步增强导师的责任意识，充分发挥导师的积极性。为了进一步提高研究生的综合素质，培养高质量的研究生，研究生教育的相关规章制度建设、教育教学安排、软硬件设施配备等也在不断完善中。
学校科学研究的稳步快速推进，为培养高质量的研究生奠定了坚实基础。2007年学校争取到包括国家支撑计划在内的各类项目经费5000多万元，2008年获浙江省重点重大项目资助17个，创下建校以来的历史最高，并获浙江省科学技术奖、国家海洋局海洋科技创新成果奖一等奖等多项省部级以上科研奖励。今年在现有硕士点基础上学校又成功申报“海洋渔业科学与技术”浙江省重中之重学科，我校研究生教育将紧紧围绕学校海洋办学的鲜明特色，为浙江省发展海洋经济、建设港航强省输送更多的海洋类高层次专业人才。
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