2004年研究生管理部门从研修部改为上海中医药大学研究生院，陈凯先校长担任研究生院院长，校党委书记、常务副校长谢建群教授担任研究生院第一副院长，设常务副院长负责研究生院日常工作，加强大学对研究生教育工作的领导。
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研究生院下设行政、招生、培养和学位、学生管理和就业等科室，目前再编行政管理人员11位，学生辅导员2名，其中具有硕士学位以上6名，副高以上职称7名。各学院由负责研究生管理的院长、教学处(科)长和研究生专兼职辅导员等具体负责研究生的日常管理。根据我校研究生的实际情况，我校采用二级学院辅导员既负责研究生政治思想工作，也参与研究生培养和学位等日常教学管理工作的模式。
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