上海生科院注重加强研究生创新能力和科学精神的培养，使研究生教育成为上海生科院总体战略目标的重要组成部分。上海生科院凝聚优良的科学传统、深厚的科研积累、浓郁的学术氛围和治学严谨的育人环境;拥有宽广的研究领域、齐全的专业设置、多学科的交叉融合，以及大量国家战略需求或原始创新的科研任务，为研究生提供了在科研中学习、探索中成长的良好条件和广阔舞台。
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专业设置
上海生科院是我国生物学一级学科博士学位授权单位，共有13个二级学科：植物学、动物学、生理学、微生物学、神经生物学、遗传学、发育生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、生物技术与医药、生物信息学、计算生物学、生物情报学。
培养方式
上海生科院学术型研究生培养方式为硕博连读，学制五年。入学时按硕士研究生培养，享受硕士生待遇;第二学年第二学期进行博士生资格认定，考核通过者列入当年的博士生录取名单，按博士研究生培养，享受博士生待遇。
上海生科院在研究生教育中形成了科研与人才并重、创新与育人并举的研究生培养特色。在研究生选择导师过程中实行实验室轮转、师生双向选择机制;在研究生培养中实行以导师负责为主的研究生论文指导小组制及博士生年度考核制，对博士生的论文研究工作给予多方面的指导和帮助;受好评的"Bio2000"研究生精品课程，坚持基础与前沿、理解与批判相结合的原则培养学生的科学探索精神和科研创新能力，在2008年荣获中科院教学成果特等奖。
上海生科院从2010年起招收全日制专业学位研究生，专业为生物工程，培养方式为硕士，学制三年。由各技术平台的导师招收此类研究生。
上海生科院的重要科研技术平台有: 蛋白质平台、抗体平台、非人类灵长类平台、工业微生物平台、人工气候室、辰山植物园、系统生物学平台、成体干细胞平台、食品安全与代谢平台、实验动物平台等等，这些重要平台不但为生科院各研究所的基础研究提供着强大的技术支持，也为国家和地方经济建设发挥着积极作用。
2009年9月，在学研究生总数达1518人。
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