河海大学研究生院是国家设立的56所研究生院之一，是国家高层次人才培养和科技创新的重要基地。研究生院坐落在南京市区风景优美的清凉山麓。培养领域覆盖了工、理、经、管、文、法等多学科，尤其是在水利学科研究生培养方面具有广泛的社会影响，是我国最大的水利学科研究生培养基地。
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学校研究生教育始于50年代，是国家首批招收博、硕士生的单位和全国最早开展研究生教育的学校之一。学校现有1个一级学科国家重点学科(水利工程)，2个二级学科国家重点学科，2个二级学科国家重点学科培育点，4个江苏省优势学科(群)，2个省级重点学科;6个国家级以及省部级重点实验室、10个国家级以及省部级工程研究中心;9个博士后流动站;57个博士点，185个硕士点，11种硕士专业学位类别，其中工程硕士专业学位涉及18个工程领域。现有博士生导师333人，硕士生导师914人(含基地导师),中国科学院院士、中国工程院院士14人(含双聘院士)。文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、计算机与信息学院、计算机与信息学院(常州)、机电工程学院、力学与材料学院、地球科学与工程学院、理学院、商学院、公共管理学院、法学院、马克思主义学院、外国语学院、体育系、大禹学院等19个院系可招收研究生。在校研究生13072人。
研究生院具有良好的研究条件，紧密依托学校各类研究院(所)、工程中心、实验室培养高质量研究生。学校具有25个省部级科研基地，5个国际合作基地，另有71个研究所(研究中心)，19个实验室(实验中心)。2007年以来，学校已有240余项国家及省部级科研成果获奖，其中一批科研成果在理论上有重大突破，达到国际领先和国际先进水平。
研究生院坚持把提高研究生培养质量作为各项工作的重中之重。发起建设的长江黄河研究生培养基地、西部研究生培养基地被批准为国家研究生创新中心。全面启动和实施研究生教育创新工程，大力开展研究生科技文化艺术活动，全面提高研究生的综合素质、创新精神、创新能力。在培养工作中，既注重学术型、研究型研究生的培养，又注重应用型、复合型研究生的培养。培养的毕业研究生以品德好、基础宽、重实践、能力强的优点受到用人单位的欢迎，其中一些毕业生在三峡工程、黄河小浪底工程、南水北调工程等国家重大工程建设中发挥了领导和骨干作用。
研究生院积极推进国际合作与交流。目前已为亚洲、非洲、美洲、欧洲40多个国家和地区培养了近千名学生。已经与这些国家和地区的50余所大学和科研机构建立了稳定的校(所)际协作关系。隶属联合国教科文组织的国际水文水资源培训与研究中心设在我校，同时设有环境、岩土、力学研究中心等国际合作科研基地。
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