沈阳药科大学自1956年开始招收研究生，是我国首批获得博士、硕士学位授予权的单位之一，同时也是较早开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位以及自行审定博士生指导教师的单位。沈阳药科大学研究生处重点负责研究生招生工作，几十年来，我校研究生教育取得了长足发展。目前，我校有药学博士后流动站1个，一级学科博士学位授权点2个，二级学科博士学位授权点19个，一级学科硕士学位授权点7个，二级学科硕士学位授权点46个，硕士专业学位授权点3个。其中，药剂学科是国家级重点学科，药学和中药学一级学科为省级重点学科。我校药学学科2007年在教育部药学一级学科评估中，排名第二。1996年经教育部批准，建设国家理科基础科学研究和教学人才培养基地(医药学)，1997年开始招收本、硕、博连读学生。2002年经教育部和国家发展改革委员会批准，建立国家生命科学与技术人才培养基地，学制6年。
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学校2011年招收硕士研究生635名，博士研究生115名，研究生课程进修班学员150余名。现有在校研究生2100余人，研究生课程进修班学员700余人。截至2011年7月，学校已累计招收博士研究生1370人，硕士研究生6195人，授予博士学位888人，硕士学位4413人，为社会培养了一大批优秀药学人才。毕业生中，有4人当选院士，4人被聘为教育部“长江学者”特聘教授，8人获国家杰出青年基金，更有众多毕业生成为知名专家、教授、企业家和优秀领导者。
学校荟萃了众多的专家学者。有教授84名，副教授186名，其中中国工程院院士1名，国家新世纪百千万人才工程百层次人才3名，国家级教学名师1人，省级教学名师11人，省级以上各种人才培养工程遴选命名80人次。一批在科研及教学工作中卓有成效的中青年教师充实了研究生导师队伍，其中博士生指导教师59名，硕士生指导教师127名，兼职博士生指导教师73人，兼职硕士生指导教师38人。
学校积极开展国内外学术交流与合作，先后与国内一些知名大学签订了合作办学协议，实现资源共享;与美国、日本、英国、俄罗斯等 30 多个国家和地区的高等院校、科研院所建立了校际交流与科研协作关系，对我校研究生培养起到推动作用。
学校在开展学位与研究生教育过程中，始终把培养质量放在头等重要地位，积极探索研究生教育改革，优化培养过程，强化创新精神和实际能力的培养。认真贯彻实施学校“立足药学、突出特色、适度规模、办成精品”的方针，在不断加强学科建设的基础上，努力将我校建设成高水平、高层次的拔尖创新人才培养基地。
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