大连海洋大学1986年经国务院学位委员会批准成为硕士学位授予单位，并于1987年开始招收全日制硕士研究生;2000年经国务院学位委员会批准我校成为开展以同等学力申请硕士学位的工作单位，同年招收研究生课程进修班学员;2002、2010年先后被批准为农业推广硕士、工程硕士专业学位授予权单位。目前全日制在校学生达900多人。并成立大连海洋大学研究生学院。
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学校现有十一个硕士学位授权一级学科(分别为：水产学科，海洋科学，生物学，生态学，生物医学工程，农业工程，水利工程，食品科学与工程，计算科学与技术，软件工程，工商管理)，25个二级学科招生专业，涉及农学、工学、理学和管理学4个学科门类;具有农业推广、工程硕士2个类别专业学位授予权，十个培养领域。水产一级学科是学校的传统优势特色学科，在2004年和2008年两次全国同类一级学科评估中均位居第四。在2009-2010年辽宁省“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”立项中，水产一级学科被确定为辽宁省特色重点学科，水生生物学、动物遗传育种与繁殖2个二级学科被确定为辽宁省培育学科。
学校现有博士生和硕士生导师231人;学校拥有双聘院士2人。我校已初步建立了以具有博士和硕士学位中青年教师为主体，数量适当、结构合理、素质优良、充满活力的研究生教师队伍。
学校与中国水产科学研究院、国家海洋环境监测中心等单位签订了联合培养研究生协议书，并付诸实施。在北京水产科学研究所，北京水产技术推广站，锦州海洋渔业局，大连章子岛渔业集团等相关企事业单位建立研究生工作站。学校积极扩大对外交流，先后与日本、韩国、俄罗斯、澳大利亚等国的大学建立了校际合作交流关系，并每年都选送品学兼优的研究生出国深造。
在研究生教育方面，学校坚持“以质量求生存，以贡献求支持，以特色求发展”的办学指导思想，注重研究生教育质量的提高，着力培养创新型和复合型人才，把提高研究生思想素质、学术水平和综合能力的培养贯穿研究生教育的全过程。
“十二五”期间，大连海洋大学将紧紧抓住东北老工业基地振兴重要机遇，不断深化研究生教育教学改革，以建设特色鲜明，国内一流具有重要行业影响力的高水平海洋大学为奋斗目标，团结拼搏，不断努力，在较短的时间里把我校建设成为我国北方地区海洋水产特色明显的海洋大学。
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