北京中医药大学研究生导师队伍力量雄厚，截止 2007年9月，共有博士生导师 175 名，硕士生导师 300余名。
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学校现有一级学科国家重点学科2个(中医学、中药学)、共有15个国家重点学科建设学科(中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中医内科学、中西医结合基础、中药学、中医临床基础、针灸推拿学、中医医史文献、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学及民族医药)，国家中医药管理局重点学科 10 个(中医内科脑病学科、中医内科呼吸学科、中医内科内分泌学科、中医内科血液病学、中药药理学、临床中药学、中药生药学、中医基础理论、中医诊断学、针灸学)，北京市重点学科 3 个(中医医史文献、中医临床基础、中医外科学)，为全国高等中医药院校中拥有国家和部局级重点学科数量最多，涵盖学科面最广的院校。
北京中医药大学拥有较强的科研实力，科研工作以承担国家级、省部级课题为主，其中包括国家 “ 攀登计划 ” 、 “863” 、 “973” 以及自然科学基金重点课题。学校现有 2 个教育部重点实验室， 2 个北京市重点实验室。学校还与北京师范大学共建一个国家大学科技园，拥有 1 个教育部工程中心和 1 个教育部网上合作中心。
1999 年，学校研究生部被教育部、国务院学位委员会授予 “ 全国与研究生教育管理工作先进集体 ” 荣誉称号。在研究生教育中，学校严把入学质量关，研究生录取严格按国家统一录取标准;对研究生的知识掌握明确提出 “ 一级学科的信息 ” 、 “ 二级学科基本功 ” 和 “ 三级学科专功 ” 的三级要求;强调研究生教育与学科建设紧密结合，重视二级学科培养规范，学位课程设置体现了中医基础与临床、中医药学与现代生命科学紧密结合的趋势。近几年来，在不断加大博士生以及外国留学生在研究生中的招收比例的同时，积极开展在职人员以同等学力申请学位、博士后进站、基础学科优秀研究生提前攻读博士学位等工作。学校在遴选本校博士生导师的同时，还接受校外兼职博士生导师的申请。北京中医药大学的研究生教育经过奠定基础、调整稳定、逐步发展，目前已经形成具有一定规模的、专业门类比较齐全的中医、中药、中西医结合研究生教育体系。
新世纪北京中医药大学的研究生教育将迎来新的发展局面。经过 “ 十五 ” 期间的努力，中医、中药、中西医结合等学科建设将更上台阶，培养高层次创新型人才以及解决中医药重大科技问题的能力显着提高，科技产业长足发展，对外交流与合作不断扩大，中医药行业优势突出，通过努力，北京中医药大学将建设成为具有国际影响、国内一流的中医药大学。
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