1951年6月11日，为应对朝鲜战场的“细菌战”和核威胁，保障我志愿军入朝作战，遵照毛主席指示，周总理批准，紧急成立军事医学科学院，这是我军第一个科学院，新中国第二个科学院，世界上第三个军事医学高级研究机构。60年来，军事医学科学院积极秉持“博学、求是、忠诚、卓越”院训，努力践行“严肃、严格、严密”院风，大力弘扬“爱党爱国、忠诚使命，开拓创新、勇攀高峰，团结协作、集智攻关，淡泊名利、竭诚奉献”医科院精神，圆满完成了我国历次重大战争保障、重大疫情防控、重大灾害救援、重大国事安保，在国家民族危难时刻，发挥了一锤定音、中流砥柱的作用，成为军事斗争卫勤准备科技攻关的核心力量、反恐和处置突发公共卫生事件的突击力量、军队疾病预防和控制的主要力量。
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60年大任于斯，军事医学科学院报国强军、拼搏奉献。2003年4月，在抗击“非典”的紧急时刻，胡锦涛总书记亲临视察，给予该院“为党分忧，为民解难，拼搏奉献”的高度褒奖;2005年11月，在阻击禽流感的紧要关头，温家宝总理莅临指导，对该院防治禽流感所作的贡献给予高度评价;2008年被党中央、国务院、中央军委授予“全国抗震救灾英雄集体”荣誉称号，获得“北京奥运会残奥会先进集体”殊荣，军委郭伯雄副主席赞誉该院奥运安保“三防”医学救援队“是一支不可替代的国家力量”;2009年，军委徐才厚副主席在会见该院处理国家有关应急医学救援专家组时，称赞他们的作用“顶得上千军万马”;2011年3月，总后勤部首长视察时，赞誉该院是“国家安全坚盾、军队卫勤劲旅、人民健康卫士”。2011年10月，建院60周年之际，胡主席和习副主席先后作出批示，提出了“为我国军事医学和卫生事业发展再立新功”和“姓军为战、强国为民”的历史重托，中国科学院和中国工程院的138位院士寄语祝贺，对该院60年来为维护国家安宁、社会安定和人民安康作出的重大贡献给予高度肯定。
60年大奖建勋，军事医学科学院锐意创新、硕果累累。先后获得国家、军队省部级各类奖项2000余项，其中国家科技进步特等奖1项、一等奖7项、二等奖30项，国家技术发明一等奖1项、二等奖7项，国家自然科学二等奖7项，获国家新药证书100余个，授权专利997项。“战时特种武器伤害医学防护”与“两弹一星”成果同时获得国家科技进步特等奖，是我国医药卫生界迄今唯一的特等奖，铸就了 我国“三防”战略盾牌，至今仍居世界领先水平;疟疾治疗新药“本芴醇及其亚油酸胶丸制剂”荣获我国卫生系统首个国家技术发明一等奖，并独占鳌头20年，在此基础上研制的抗疟药“复方蒿甲醚”被世界卫生组织确定为抗疟首选药物，是我国第一个进入国际市场的，具有自主知识产权的创新药物，在全球售出4亿人份，拯救了百万人生命，2009年获“欧洲发明人奖”，2010年获美国“盖伦奖”;研制出的“野战方舱医院”，在国际维和、人道主义救援和汶川玉树抗震救灾等重大任务中发挥关键作用，在危急时刻构筑起移动的生命港湾，被誉为伤员的“诺亚方舟”。
