学术硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
招生条件不同
学术硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。
专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。
招生考试不同
学术硕士的招生考试只有年初的"统考"，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。
专业硕士的招生考试有10月份的"联考"和年初的"统考"两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。
入学难度不同
学术硕士的全国硕士研究生入学统一考试(统考)完全是严进宽出的代表。据统计，2005年研究生考试考生人数为117万，招生人数只有32万，录取比例为 3.7：1.北大、清华、复旦等名牌大学，以及微电子、信息科学、生物医药、世界经济、国际金融等热门专业，由于报考者众多，录取率更低。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至为70：1.而一些二流学校的冷门专业却年年招不满。因此，入学难度取决于考生报考的学校和专业。
专业硕士的招生考试有10月份的"联考"和年初的"统考"两次机会，考生可自行选择。这两大国家级别考试的专业考试，是由各招生单位自行命题、阅卷。不同专业的入学难度各不相同，热门专业相对难一些。例如，2004年上海复旦、交大、财大三所高校MBA的录取比例在6：1左右;2004年全国法律硕士录取率则不到 10%。此外，"联考"和"统考"的难度也不一样，由于"统考"考生远多于"联考"考生，考试竞争激烈程度自然也大。不过，"联考"的考试虽容易，但录取时更看重申请者的工作背景和经验 .
学习方式不同
学术硕士： 全日制学习。一般为3年。
专业硕士： 半脱产，学制2-3年。
