厦门同安第六中学创办于1994年，1995年，经厦门市政府批准，更名为厦门私立东山中学。1997年9月6日，经省政府批准，改为福建省厦门第六中学。1999年秋，学校开办高中班，从此成为一所完全中学。2000年，学校试办职业高中。2001年，创办厦门女子职业学校。2003年，女子职业学校分离出去。近十年来，学校实现了超常规、跨越式发展，办学效益得到了社会的广泛赞誉，2003年被省教委直接定为省二级达标学校，3月年成为全省26所一级达标学校之一，步入名校行列。2003年，在厦门市新一轮教育改革中率先实施与东渡中学合并，实行高初中分设办学，学校分厦禾、东渡两校区，厦禾校区为初中部，东渡校区为高中部；合并后即扩建高中部，扩大优质教育资源。在厦门市第一所正式申报示范性高中，并于2004年以较高分数通过市级验收。加强同世界教育的交流与合作，积极探索合作办学新路子。与建中教育信托基金合作创办“出国留学实验班”，与菲律宾光启学校合作开办中国文化培训班。如今的厦门六中已发展成为厦门市规模最大、设备一流、师资力量雄厚的著名学府。
学校校园占地面积97648平方米，有教学楼、办公楼、实验楼、图书馆、现代教育技术中心、学生活动中心、艺术教育综合楼、体育馆、游泳池和学生公寓等，总建筑面积近8万平方米。
