首都医科大学2016年在全国公办本科院校排名第98位，本省公办本科大学排名第21位，本排名数据来源自中国校友会的2016年中国最佳大学排行榜。下面为首都医科大学历年排名曲线图和表格，以及北京所有公办本科大学排行榜数据。
首都医科大学历年排名统计| 本省排名 | 学校名称 | 城市 | 全国排名 | 总分 | 星级 |
| 1 | 北京大学 | 北京市 | 1 | 100 | 7星级 |
| 2 | 清华大学 | 北京市 | 2 | 98.5 | 7星级 |
| 3 | 中国人民大学 | 北京市 | 6 | 81.98 | 6星级 |
| 4 | 北京师范大学 | 北京市 | 15 | 74.75 | 5星级 |
| 5 | 北京航空航天大学 | 北京市 | 25 | 70.58 | 5星级 |
| 6 | 北京理工大学 | 北京市 | 30 | 68.72 | 5星级 |
| 7 | 中国农业大学 | 北京市 | 32 | 68.05 | 5星级 |
| 8 | 北京科技大学 | 北京市 | 41 | 66.42 | 4星级 |
| 9 | 北京交通大学 | 北京市 | 42 | 66.08 | 4星级 |
| 10 | 北京协和医学院 | 北京市 | 45 | 66.03 | 5星级 |
| 11 | 中国政法大学 | 北京市 | 66 | 64.9 | 5星级 |
| 12 | 北京邮电大学 | 北京市 | 68 | 64.86 | 4星级 |
| 13 | 北京化工大学 | 北京市 | 78 | 64.26 | 4星级 |
| 14 | 中央财经大学 | 北京市 | 82 | 63.99 | 4星级 |
| 15 | 北京工业大学 | 北京市 | 83 | 63.89 | 3星级 |
| 16 | 北京林业大学 | 北京市 | 88 | 63.79 | 4星级 |
| 17 | 中央民族大学 | 北京市 | 89 | 63.78 | 5星级 |
| 18 | 对外经济贸易大学 | 北京市 | 90 | 63.77 | 4星级 |
| 19 | 首都师范大学 | 北京市 | 92 | 63.73 | 3星级 |
| 20 | 华北电力大学 | 北京市 | 93 | 63.66 | 3星级 |
| 21 | 首都医科大学 | 北京市 | 98 | 63.32 | 4星级 |
| 22 | 北京中医药大学 | 北京市 | 119 | 62.97 | 4星级 |
| 23 | 首都经济贸易大学 | 北京市 | 153 | 62.23 | 3星级 |
| 24 | 北京语言大学 | 北京市 | 171 | 62.04 | 4星级 |
| 25 | 北京工商大学 | 北京市 | 218 | 61.52 | 2星级 |
| 26 | 北京建筑大学 | 北京市 | 301 | 61.09 | 1星级 |
| 27 | 北方工业大学 | 北京市 | 325 | 60.99 | 1星级 |
| 28 | 北京信息科技大学 | 北京市 | 337 | 60.92 | 1星级 |
| 29 | 北京联合大学 | 北京市 | 359 | 60.84 | 1星级 |
| 30 | 北京服装学院 | 北京市 | 368 | 60.81 | 1星级 |
| 31 | 中国青年政治学院 | 北京市 | 383 | 60.76 | 1星级 |
| 32 | 北京农学院 | 北京市 | 406 | 60.65 | 1星级 |
| 33 | 北京石油化工学院 | 北京市 | 430 | 60.6 | 1星级 |
| 34 | 北京印刷学院 | 北京市 | 436 | 60.59 | 1星级 |
| 35 | 北京物资学院 | 北京市 | 441 | 60.58 | 1星级 |
| 36 | 中华女子学院 | 北京市 | 479 | 60.52 | 1星级 |
| 37 | 中国劳动关系学院 | 北京市 | 500 | 60.48 | 1星级 |
| 38 | 北京电子科技学院 | 北京市 | 609 | 60.35 | 1星级 |
| 39 | 首钢工学院 | 北京市 | 697 | 60.24 | 1星级 |
| 中国科学院大学 | 北京市 | 7星级 | |||
| 北京体育大学 | 北京市 | 6星级 | |||
| 中央音乐学院 | 北京市 | 6星级 | |||
| 中央美术学院 | 北京市 | 6星级 | |||
| 北京电影学院 | 北京市 | 6星级 | |||
| 中央戏剧学院 | 北京市 | 6星级 | |||
| 中国传媒大学 | 北京市 | 5星级 | |||
| 北京外国语大学 | 北京市 | 5星级 | |||
| 外交学院 | 北京市 | 5星级 | |||
| 中国人民公安大学 | 北京市 | 5星级 | |||
| 中国音乐学院 | 北京市 | 5星级 | |||
| 中国戏曲学院 | 北京市 | 5星级 | |||
| 北京舞蹈学院 | 北京市 | 5星级 | |||
| 国际关系学院 | 北京市 | 4星级 | |||
| 北京第二外国语学院 | 北京市 | 3星级 | |||
| 首都体育学院 | 北京市 | 3星级 | |||
| 北京警察学院 | 北京市 | 2星级 |
首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，已故著名泌尿外科专家、两院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平教授为首任校长。现任党委书记李明教授，校长吕兆丰教授。学校校本部设有10所学院和1所研究院。
| 创建时间 | 学校类型 | 学科类型 | 隶属单位 |
| 1960年 | 公立 | 医药 | 北京市教育委员会 |
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