福建医科大学2016年在全国公办本科院校排名第279位，本省公办本科大学排名第9位，本排名数据来源自中国校友会的2016年中国最佳大学排行榜。下面为福建医科大学历年排名曲线图和表格，以及福建所有公办本科大学排行榜数据。
福建医科大学历年排名统计| 本省排名 | 学校名称 | 城市 | 全国排名 | 总分 | 星级 |
| 1 | 厦门大学 | 厦门市 | 23 | 72.23 | 5星级 |
| 2 | 福州大学 | 福州市 | 83 | 63.89 | 3星级 |
| 3 | 福建师范大学 | 福州市 | 104 | 63.24 | 3星级 |
| 4 | 福建农林大学 | 福州市 | 133 | 62.64 | 3星级 |
| 5 | 华侨大学 | 泉州市 | 164 | 62.13 | 2星级 |
| 6 | 集美大学 | 厦门市 | 268 | 61.25 | 2星级 |
| 7 | 福建医科大学 | 福州市 | 279 | 61.19 | 2星级 |
| 8 | 福建中医药大学 | 福州市 | 359 | 60.84 | 1星级 |
| 9 | 福建工程学院 | 福州市 | 396 | 60.68 | 1星级 |
| 10 | 厦门理工学院 | 厦门市 | 404 | 60.66 | 1星级 |
| 11 | 闽南师范大学 | 漳州市 | 421 | 60.62 | 1星级 |
| 12 | 闽江学院 | 福州市 | 448 | 60.57 | 1星级 |
| 13 | 泉州师范学院 | 泉州市 | 509 | 60.47 | 1星级 |
| 14 | 三明学院 | 三明市 | 546 | 60.43 | 1星级 |
| 15 | 龙岩学院 | 龙岩市 | 566 | 60.4 | 1星级 |
| 16 | 福建江夏学院 | 福州市 | 581 | 60.38 | 1星级 |
| 17 | 莆田学院 | 莆田市 | 589 | 60.37 | 1星级 |
| 18 | 宁德师范学院 | 宁德市 | 636 | 60.33 | 1星级 |
| 19 | 武夷学院 | 南平市 | 645 | 60.32 | 1星级 |
| 福建警察学院 | 福州市 | 2星级 |
福建医科大学创建于1937年，前身是福建省立医学专科学校，2003年，福建省人民政府确定我校为省属重点建设高校。学校先后被评为“全国教育系统抗震救灾先进集体”、福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。学校现有上街、台江2个校区，占地约1500亩，校舍建筑面积40多万平方米。
| 创建时间 | 学校类型 | 学科类型 | 隶属单位 |
| 1937年 | 公立 | 医药 | 福建省人民政府 |
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