三本院校一般为独立学院，部分三本属于公办民助性质。三本院校的学费较高。新疆三本大学主要有新疆大学科学技术学院、新疆财经大学商务学院、新疆农业大学科学技术学院、新疆医科大学厚博学院等。
新疆三本院校排名情况| 名次 | 学校名称 | 类型 |
| 1 | 新疆大学科学技术学院 | 综合 |
| 2 | 新疆财经大学商务学院 | 财经 |
| 3 | 新疆农业大学科学技术学院 | 农林 |
| 4 | 新疆医科大学厚博学院 | 医药 |
| 5 | 石河子大学科技学院 | 综合 |
注：以上排名情况仅供参考。
新疆大学科学技术学院介绍新疆大学科学技术学院成立于2002年8月。2004年1月，通过教育部关于办学资质的审核，成为我国首批本科院校举办的独立学院。2012年5月，通过自治区学位委员会、自治区教育厅审核，学院取得学士学位授予权资格。
2014年6月，自治区人民政府决定新疆大学与阿克苏地区合作办学，由阿克苏地区负责完成校园基本建设，校园建成后，将新疆大学科学技术学院搬迁至阿克苏办学，由新疆大学负责教学和管理。条件成熟、申请教育部评估合格后转制为公办二本院校。
