| 类别 | 专业代码 | 专业名称 | 南科大招生院系 |
| 学术型硕士 | 0202 | 应用经济学 | 金融系 |
| 0702 | 物理学 | 物理系 海洋科学与工程系 地球与空间科学系 | |
| 0703 | 化学 | 化学系 | |
| 0710 | 生物学 | 生物系 | |
| 0777 | 生物医学工程(理学) | 生物医学工程系 | |
| 0831 | 生物医学工程(工学) | 生物医学工程系 | |
| 0801 | 力学 | 力学与航空航天工程系 地球与空间科学系 | |
| 0803 | 光学工程 | 电子与电气工程系 | |
| 0810 | 信息与通信工程 | 电子与电气工程系 | |
| 0812 | 计算机科学与技术 | 计算机科学与工程系 | |
| 0830 | 环境科学与工程 | 环境科学与工程学院 海洋科学与工程系 地球与空间科学系 | |
| 070101 | 基础数学 | 数学系 | |
| 070102 | 计算数学 | 数学系 | |
| 070103 | 概率论与数理统计 | 数学系 | |
| 070104 | 应用数学 | 数学系 | |
| 080201 | 机械制造及其自动化 | 机械与能源工程系 | |
| 080202 | 机械电子工程 | 机械与能源工程系 | |
| 080203 | 机械设计及理论 | 机械与能源工程系 | |
| 080501 | 材料物理与化学 | 材料科学与工程系 物理系 | |
| 080502 | 材料学 | 材料科学与工程系 物理系 | |
| 080503 | 材料加工工程 | 材料科学与工程系 物理系 | |
| 0805Z1 | 空间材料与加工 | 材料科学与工程系 物理系 | |
| 0805Z2 | 光电信息科学与工程 | 材料科学与工程系 物理系 电子与电气工程系 | |
| 080901 | 物理电子学 | 电子与电气工程系 | |
| 080903 | 微电子学与固体电子学 | 电子与电气工程系 | |
| 全日制专业学位硕士 | 0251 | 金融硕士 | 金融系 |
| 085201 | 机械工程 | 机械与能源工程系 | |
| 085204 | 材料工程 | 材料科学与工程系 物理系 | |
| 085208 | 电子与通信工程 | 电子与电气工程系 | |
| 085209 | 集成电路工程 | 电子与电气工程系 | |
| 085211 | 计算机技术 | 计算机科学与工程系 | |
| 085216 | 化学工程 | 化学系 | |
| 085229 | 环境工程 | 环境科学与工程学院 | |
| 085233 | 航天工程 | 力学与航空航天工程系 | |
| 085238 | 生物工程 | 生物系 生物医学工程系 | |
| 0252 | 应用统计硕士 | 创新创业学院 | |
| 2017年录取270人，2018年继续扩大招生规模，具体招生计划以国家下达指标数为准。 | |||
| 注：“机械工程、材料工程、电子与通信工程、集成电路工程、计算机技术、化学工程、环境工程、生物工程、应用统计”有部分学生由创新创业学院采用“创新英才计划”的模式培养，报考“创新英才计划”的同学请在网上报名时备注。 | |||
