截至2019年6月，学校有8个二级学科国家重点学科，2个二级学科国家重点(培育)学科；60个国家临床重点专科(含中医)；10个国家中医药管理局重点学科、4个国家中医药管理局重点培育学科；4个一级学科北京市重点学科，6个二级学科北京市重点学科，1个北京市重点交叉学科，1个北京地区高等学校学科群。
二级学科国家重点学科：神经生物学、外科学(神外)、眼科学、耳鼻咽喉科学、内科学(呼吸系病)、内科学(心血管病)、儿科学、神经病学
二级学科国家重点(培育)学科：内科学(消化系病)、影像医学与核医学
国家中医药管理局重点学科：中西医结合基础、中医眼科学、中医心病学、中医脾胃病学、中医肿瘤病学、中医皮肤病学、针灸学、中医疮疡病学、中医急诊学、临床中药学
国家中医药管理局重点培育学科：中医传染病学、中医络病学、中医传染病学、中医神志病学
一级学科北京市重点学科：临床医学、生物医学工程、基础医学、生物学
二级学科北京市重点学科：流行病与卫生统计学、口腔临床医学、口腔基础医学、药物化学、药理学、社会医学与卫生事业管理
一级学科北京市重点建设学科：公共卫生与预防医学、中医学
二级学科北京市重点建设学科：思想政治教育、应用心理学、中西医结合基础、中西医结合临床、药剂学、药物分析学
交叉学科北京市重点学科：全科医学
北京地区高等学校学科群：首都经济学科群
2、首都医科大学重点专业名单“卓越医生(中医)教育培养计划”试点项目：拔尖创新医学人才培养模式改革试点、五年制临床医学人才培养模式改革试点、“3+2”三年制专科临床医学教育人才培养模式改革试点、五年制本科人才培养模式改革、面向基层的中医全科医学人才培养模式改革
国家级实验教学示范中心：临床技能中心、基础医学实验教学中心、基础与专业药学实验教学中心
国家级特色专业：临床医学、口腔医学、护理学、生物医学工程、预防医学、药学、中医学
家级精品资源共享课程：外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、全科医学概论、神经病学
国家级精品课程：外科学、眼科学、生理学、神经生物学、耳鼻咽喉科学、全科医学概论、神经病学
国家级双语教学示范课程：神经病学、细胞生物学
国家级人才培养模式创新实验区：复合型高级医学人才培养创新试验区、创新型药学人才培养实验区、农村卫生人才培养模式创新实验区
国家级大学生校外实践教育基地：首都医科大学临床技能综合培训中心
北京市级实验教学示范中心：中医药学实验教学中心、公共卫生与预防医学实验教学中心、口腔医学实践技能中心、临床技能中心、基础医学实验教学中心、化学生物学与药学实验教学中心
北京市一流专业：护理学、床医学
北京市级特色专业：临床医学、口腔医学、护理学、生物医学工程、预防医学、药学、中医学、康复治疗学、卫生事业管理学、假肢矫形工程
北京市级精品课程：医学机能学实验、生物化学、外科学、医学影像学、检体诊断学、神经病学、神经生物学、医学统计学、耳鼻咽喉科学、医学细胞生物学、内科学、眼科学、人体解剖学、医学免疫学、小儿内科学、生理学、小儿外科学、人体寄生虫学
北京市级人才培养模式创新试验区：农村卫生人才培养模式创新试验区
