国家中医药管理局重点学科(9个)：中医骨伤学、中医肺病学 、中药药理学、针灸学、药用动物学、中医心病学、推拿学、医脑病学、内经学
吉林省中医药管理局重点学科(10个)：方剂学、中药分析学、中医康复学、中西医结合临床、中医儿科学、中医内分泌病学、中西医结合基础、中医肛肠病学、中医眼科学、中医护理学
省教育厅重点学科(3个)：中医学、中西医结合、中药学
2、长春中医药大学重点专业名单“十一五”国家级特色专业建设点：中医学、护理学、中药学、针灸推拿学
省级特色专业建设点：制药工程、公共事业管理
“十二五”省级特色专业：中医学、中药学、针灸推拿学、制药工程、药学、药物制剂、护理学、公共事业管理
