学校设有临床医学系、护理系、口腔医学系、医学技术系和基础医学部、公共学科部、社会科学部、成人教育部等八个教学系(部)；开设临床医学、口腔医学、针灸推拿(2019年新增专业) 护理、护理(英语方向)、助产、医学检验技术、医学影像技术、口腔医学技术、康复治疗技术、卫生检验与检疫技术、药学等11个专业及专业方向。
2、商丘医学高等专科学校师资力量截止至2019年5月30日，学校现有教职工3370人(含第一、第二附属医院)，其中专任教师615人，专任教师中具有副高级职称以上教师147人，占专任教师总数的24%；具有硕士学位以上教师186人(其中博士8人)，占专任教师总数的30%。校本部6人被授予河南省教育厅学术技术带头人，4人为商丘市专业技术拔尖人才、17人为学术技术带头人，青优秀中年科技专家8人和教学名师3人，药理学教学团队被评为“河南省高等学校优秀教学团队”。此外，学校还聘请了第三十三届南丁格尔奖获得者吴静芳主任、美国芝加哥大学博士生导师王红卫教授、郑州大学博士生导师崔留欣教授等国内外知名专家、学者担任兼职教授。
