首都医科大学2013年招生计划为1700人，本科计划1030人，专科计划670人。本科计划增加120人。
本科、高职（专科）在京招生人数共计1221人，其中本科556人，三年制高职（专科）605人，两年制单考单招60人。本科招生计划中一批次412人，其中长学制130人，二批次144人。专科普通批招生445人，专科提前批临床医学（农村基层定向）专业80人，临床医学专科山区半山区定向班80人。本科招生人数与去年相比一批次增加74人，二批次增加36人。
在京外（19个省)的本科招生计划是458人：天津33人、河北39人、山西31人、辽宁27人、吉林22人、黑龙江26人、江苏22人、浙江30人、安徽16人、福建10人、江西26人、山东33人、河南27人、湖北23人、湖南28人、广西10人、四川18人、贵州12人、陕西25人。在黑龙江省、江苏省新增了本科二批次计划。
西藏内地高中班计划13人（本科8人，高职5人），新疆民族预科生转入8人。
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