2016年4月，自然出版集团发布最新的自然指数，Nature Index 2016，全面衡量全球各个国家/地区、科研院所、高等学校、以及产业机构的高水平论文产出，并评估各个院校在化学、地球与环境科学、生命科学、以及物理科学 (Physical Sciences) 四个核心学科领域的排名。南京大学入选全球20强高校，位列全国第二。
世界大学排名 中国高校前五强
化学学科，全国排名第三，世界排名第10;
地球与环境科学，全国排名第一，世界排名第40;
物理科学，全国排名第五，世界排名26。
全球研究机构排名 中国前五强
