中国农业大学校拥有 6个国家重点一级学科和6个国家重点二级学科，共涵盖24个二级学科。
6个国家重点一级学科(在全国一级学科整体水平评估中均排名第一)：
作物学(涵盖作物栽培学与耕作学、作物遗传育种等2个二级学科)
植物保护(涵盖植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学等3个二级学科)
农业资源与环境(涵盖土壤学、植物营养学等2个二级学科)
畜牧学(涵盖动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、草业科学、特种经济动物饲养等4个二级学科)
兽医学(涵盖基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学等3个二级学科)
农业工程(涵盖农业机械化工程、农业水土工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化等4个二级学科)
6个国家重点二级学科：
植物学、微生物学、生物化学与分子生物学、农产品加工及贮藏工程、果树学、农业经济管理。
