事业单位和企业单位的本质区别是目的不同，企业单位是以盈利为目的，事业单位是指不以盈利为目的。
企业单位是以盈利为目的，自收自支，通过自身的盈利解决自身的人员供养，社会服务，创造财富价值的单位。企业单位的登记在工商行政管理部门进行。企业单位与职工签订劳动合同。发生劳动争议后，企业单位进行劳动仲裁。
事业单位是指不以盈利为目的，由国家行政机关举办，受国家行政机关领导，没有生产收入、所需经费由公共财政支出、不实行经济核算、主要提供教育、科技、文化、卫生等活动非物质生产和劳务服务的社会公共组织，事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
