事业单位职工请事假是会扣一部分绩效工资的，具体由当地政策来决定。事假扣绩效是属于合法的，首先员工的绩效是根据员工工作情况而给予员工的奖励性待遇，在达标的情况下可以全额领取，员工请假没有工作，那么就没有绩效工资。第二员工在事假期间的工资有法律规定，是不得低于当地最低工资水平的80%。所以没有扣员工的基本工资就可以了。
按照《关于机关事业单位年终一次性奖金发放办法的通知》的规定：
1、(含参照公务员管理的事业单位)对年度考核为称职(合格)及以上的工作人员发放年终一次性奖金，标准为本人当年12月份的基本工资。
2、事业单位在实行绩效工资前，仍可以对年度考核为合格及以上的人员发放年终一次性奖金，标准为当年12月份本人的岗位工资和薪级工资之和(中小学教师、护士提高10)。事业单位实行绩效工资后，不再发放年终一次性奖金。
