药房
药学是国家“双高”专业群核心专业，国家骨干专业，全国职业院校健康服务药学专业首批示范点，省级优质学校建设专业和骨干专业。一是率先建成国家级药学教学资源库，拥有国家级精品网络课程3门，省级精品网络课程17门，一级课程17门。有2个国家级生产性实训基地，4个省级工程研究中心和重点实验室，2个省级重点学科。是全国职业院校首批教师教学创新团队、全国巾帼文明岗、省属高校黄大年式教师团队、两个省级教学团队，获国家教学成果二等奖、省级教学成果一等奖。《金苹果》在2020-2021年高职院校专业群和专业排名中，药学专业连续两年位居全国第一。
临床医学
临床医学是国家控制的医师专业，已有72年历史。其综合实力和办学水平在国内同类高校中名列前茅。临床医学是我国唯一为武警和军队培养军队卫生士官的专业。是教育部首批“3+2卓越博士教育培养计划”，重庆市市级优质学校和示范学校建设重点专业，重庆市市级重点专业。专业团队在国内率先开展器官系统整合课程教学改革。临床医学专业拥有首批国家思政教学团队和示范课程、国家精品网络开放课程和重庆市重点学科。该专业开设了医美方向、医学影像方向、健康大数据和云计算应用方向等辅修课程，为医疗卫生行业和大健康产业培养具有高素质技术技能的复合型医学人才。学生毕业后可报考普通本科院校“专科专升本”和“3-+2”助理全科医生规范化培养项目。毕业一年后可以报考执业(助理)医师资格考试。两年后可以报考执业(助理)医师资格考试。
护士
护理专业是首批国家“双高计划”建设专业、国家骨干专业、首批国家职业院校养老服务示范专业。全国护理教学资源库主持单位，全国护理教学标准制定单位，教育部首批“1+X”老年护理证书考试培训基地。与北京协和医院、华西医院、重庆市人民医院等72家医院和健康产业机构深度合作，建立了优质稳定的校外实践教学基地。70多年来，“院校融合、人才共育”的人才培养模式，为社会培养了大批具有较强就业竞争力和岗位胜任能力的“德才兼备”的护理人才。学生在各类创新、创业、技能竞赛中获得五项一等奖。近200名毕业生成为援鄂“抗疫英雄”，受到所在单位的高度赞扬和好评。
医学实验室科学
医学检验技术专业办学历史悠久，是省部级示范专业、骨干专业、资源基地建设专业、双基建设专业。是市级优质学校和双高建设的一流品牌专业。荣获省部级优秀教学团队称号，是国家高职高专医学检验技术专业骨干教师培训基地。本单位是全国高等院校医学检验专业校际合作委员会常务理事单位。拥有6000平方米的专业校内教学实训场地，1000多万台现代化检测仪器设备，拥有自主知识产权的虚拟医学检测实训软件，模拟医院检验科实训基地。专业人才培养质量高，在校学生连续多年在省部级双创竞赛中获奖。毕业生就业面广，就业率高达98.5%。
中国传统医学
中医专业是教育部现代学徒制试点专业，重庆市教委职业能力提升工程建设专业，重庆市优质学校建设专业。具有近50年的办学历史，办学条件好，师资力量强。为适应新形势下医疗卫生事业的发展，2015年，学校开始改革中医现代学徒制培养模式，将传统的“学徒制教育”与“专科教育”相结合。这种培养模式被重庆日报、人民日报、中国高职学院网等主流媒体多次报道，并入选桔子主编的《杏林观察》报告文学集。
智能医疗设备技术
智能医疗设备技术专业实行“创新引领、服务区域、产教融合”的人才培养模式，培养兼具医学与工程思维、融合电子与信息应用技能、良好人文素质和“跨学科融合”特色的新型工程人才。本专业以工作要求为目标，以就业市场为导向。毕业生主要从事智能医疗设备的应用与维护、生产调试、资产管理等工作。学生就业率100%。2021年高校毕业生上线率84%。
2019年，经市教委批准，重庆科技学院开始联合实施智能产业高端技术技能人才培养试点，联合培养医务工作者融合高端技术技能人才(春季分类招生)。
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