建校于1904年，原钟英中学。
钱彤先生现任校长。
南京市第三初级中学是一所百年老校，是江苏省现代化示范初中。
2004年被市教育局评为市德育先进学校，省级现代化示范初中教学质量优质学校，05年评为市先进单位，07年被推荐为“江苏省文明学校”（已公示）。
学校积极推行素质教育，优化课程结构，大力推进课程改革，积极开展综合实践活动，学校常年聘请外籍教师授课，强化学生英语口语能力，学生综合素质逐步提高，参加各类竞赛成绩斐然。
据不完全统计，2013年以来有300多人次在参加全国、省、市、区各类竞赛中获奖。
学校教育现代化和信息化水平高。
各班配备多媒体教学系统，拥有网络教室、两个大型报告厅（曾公祠处）、200米塑胶运动场和江苏“省级标准化”理、化、生等科学实验室，电子图书馆，实验器材整洁齐全。
2005年学校校园网被评为白下区首届“十佳校园网站”。
2012年顺利完成南京市数字化校园评估。
学校教学质量市区一流，在公办学校中一直处于领先地位。
学校坚持因材施教，分层推进的教学特色，使不同潜质的学生受到全面的优质教育。
2002年且超过同类校平均分41.24分，2003年中考质量较之2002年又有了新的提高。
2003年多人在600分以上，达省重点线200多人。
2004、2005年中考总均分继续名列全区同类校第一，学校实验班中考班均分达572分，全区中考总分第一名考生出自我校，全校达省重点线学生占50%。
2005年中考实验班均分近570分。
学校2004、2005、2006年连续3年荣获白下区教育局首届及第二届、第三届“中考教学质量评估”一等奖。
2007年，我校继2006年中考的基础上，又取得优异成绩。
再次荣获白下区公办学校第一名。
这已是连续第七次（2001-2007）获得白下区中考第一名.07年中考，我校总均分605分，超市均分76分（市均分529分），学校690分以上高分有5人，680分以上23人，670分以上近50人，超四星级高中录取线231人，达省重点中学录取线75%。
另外，我校王成龙同学以696分名列第一，王海计同学、许晓同学达录取线。
学校办学质量赢得较高的社会声誉。
