主任科员和正科的所属范围不同（主任科员是正科级职务下的一个领导名称）；领导职务的不同（主任科员属于正科级，但属于非领导职务）；工资不同（实职正科级略高于主任科员）。
所属范围不同，正科级是个统称，正科级是一个领导职务，主任科员是正科级职务下的一个领导名称。
领导职务的不同，主任科员属于正科级，但属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导职务。
工资不同，职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。各省职务工资规定不同，一般同一年参加工作的正科级领导职务和非领导职务的职务工资相差30至100元不等。
