在职研究生和全日制研究生在学习方式、报考形式、报考对象、入学方式、考试难度、录取制度、学习环境、获得毕业证上都是有区别的。全日制研究生每年招生考试进行一次，在职研究生报考形式则是一年多次，改革后，报考形式减少了，只剩下五月同等学力申硕和参加研究生招生考试的双证研究生。
学习方式上的区别
这是在职研究生与全日制研究生最明显，最容易理解的区别。全日制研究生就是需要脱产，周一至周五在校完成学习，所有在职研究生学习时间都安排在周末或者是节假日，甚至一些课程不用面授，直接远程授课，通过网络来学习。相比较的话，在职研究生的上课方式更为灵活。
报考对象上的区别
在职研究生的招生对象以在职人员为主，尤其是同等学力申硕形式，考生只有获得本科学士学位满三年，才具备申硕资格。而在职研究生双证专业中，一些专业和全日制研究生报考要求是一致的，也允许本科应届生报考的，但大部分专业也是对报考者有毕业年限要求的。如MBA要求专科学历毕业满五年，本科毕业满三年，硕士、博士毕业人员具备两年的工作经验才能报考。
入学方式及考试难上的区别
全日制研究生需要先考试后入学，双证专业与此是一样的，属于选拔淘汰制，只有经过初试和复试被录取的人员，才能在毕业时获得相关证书，考试难度比较大。但选择同等学力申硕形式，符合条件的报考者可以免试入学。进行了课程学习，保持多次参加考试机会的同时，考试合格即为通过全国统考，如果完成论文阶段，即可毕业。
获得证书上的区别
同力统考属于非学历教育，符合条件的学员申硕成功并达到毕业要求后，可以获得在职研究生学位证书，而非全日制双证研究生和全日制研究生属于学历教育，毕业后可以获得硕士毕业证和学位证。但是从2017年以后，非全日制研究生获得的毕业证上将注明学习方式，但证书的含金量及效力是与全日制一样的。
录取制度
全日制研究生和双证在职研究生都需要参加每年一月份的全国硕士研究生统一入学考试(简称“统考”)，属于淘汰选拔制，择优录取。
学习环境
在职研究生：主要针对职场人士，所以多数学员还是已经参加工作的人，彼此交流学习，能增长很多社会见识，有可能还可以积累人脉资源。
全日制研究生：主要是在校生，接触社会比较少，他们之间主要是学术性的交流，对想要搞研究的人很有好处。
