南方医科大学的第一临床医学院和第二临床医学院不同在于：
第一临床医学院的附属医院为南方医院，第二临床医学院的附属医院为珠江医院。第一临床医学院的招生专业更多。学制不同。师资力量也有差异。南方医科大学第一临床医学院
第一临床医学院成立于2002年10月，设置在全国重点高等院校南方医科大学第一附属医院—南方医院。南方医院是一所大型综合性医院，先后被评为“三级甲等医院”、“全国百佳医院”。医院从1941年建院以来，几经历史沿革，于 2004年8月，随第一军医大学整体移交广东省，更名为南方医科大学第一临床医学院。招生专业
临床医学（本硕博连读）八年制（医学博士学位）
临床医学五年制本科
口腔医学五年制本科
医学影像学五年制本科
医学检验（临床检验方向）四年制本科
医学检验技术三年制专科
南方医科大学第二临床医学院
学院编设14个临床教研室，44个专业科室，有7个专科实验室。为临床医学一级学科博士点和临床医学博士后流动站。是国家药物临床试验机构。神经外科为广东省重点学科和医学重点专科。拥有原全军神经医学研究所、优生优育计划生育技术研究所，骨科、儿科、耳鼻咽喉科、肿瘤医学等专科中心。招生专业：临床医学
学 制：五年。授予学位：医学学士。培养目标：培养从事临床医疗工作的通科医师。主要课程：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、中医学、妇产科学、儿科学、流行病学、预防医学及不同专业方向特殊需要的课程。就业方向：在各医疗单位、医学科研单位从事临床医疗、教学或研究工作。也可继续攻读本学科或相关专业硕士学位。可授予最高学位：博士。
中山医肯定首选，毕竟老牌但其实挺看好中大医的发展，兰平副校长的到来，周丽华教授的到来，还有微生物崔…
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