机长和第二机长的主要区别在于机长肩负着更多的责任和权力。机长除了驾驶飞机外，还是飞行途中的管理者。而第二机长往往是机长的辅助者，在机长有特殊情况时，第二机长要负责驾驶飞机。
机长在飞行中最高的法律地位和至高无上的权力，航空活动中机长对航空器和旅客的安全负有直接的也是最终的责任。
在驾驶舱里机长对飞机的安全有最后决定权，机长有权更正副驾驶的任何非正常操作或行为，第二机长不得指挥机长，但及时的提醒是第二机长的职责之一。
一般情况下，在我国，从一个完成基础飞行培训的学员成长为正式的机长，这期间要经历大概八个阶段，即跟机观察员、全程右座、第一阶段副驾驶、第二阶段副驾驶、第三阶段副驾驶、第四阶段副驾驶、左座副驾驶，然后才可以成为机长。
