没有区别，二者是近义词，山青水秀一般指山清水秀。小学语文课本1995年版就将“山青水秀”改为了“山清水秀”。而有“语林啄木鸟”之称的语言规范类权威杂志《咬文嚼字》也多次刊稿指出“山清水秀”才是正确的用法。
山青水秀与山清水秀“山青水秀”，从词语结构来看，“山”与“水”相呼应，都是自然景物。
“青”，蓝色或绿色，是一个表示颜色的语素；“秀”，秀丽，是一个表示事物性质状态的语素，两者显然不相对应，不太合乎语言规范。
“山清水秀”，“清”（清幽），与“秀”相合，即“清秀”（清幽秀丽，美丽脱俗）。二字都是表示事物性状的语素，非常匹配。
“山清水秀”形容山水明秀，风景优美，也可写作“山明水秀”。类似结构的词还有很多，如“橙黄橘绿”“龙腾虎跃”“窗明几净”等，它们都有一个共同的特点，语素两两对应，其中一组着重于从某一方面来说明另一组的性状，如以“黄”“绿”颜色来说明“橙橘”的生机盎然，秋意浓浓；以动态的“腾”“跃”刻画“龙虎”的雄姿；以“明”“净”来形容“窗几”的一尘不染。所以用“清”“秀”二字来修饰“山水”的明秀，工整而规范。
