本质区别：在化学变化中，分子可分，原子不可分．分子是由原子组成的，分子是化学反应的最小的粒子，而原子是不能通过化学反应再分解的。原子：组成单质和化合物分子的最小的粒子。分子：物质能独立存在并保持该物质一切化学性质的最小粒子。
分子与原子解释
分子是保持物质化学性质的最小粒子。原子是化学变化中的最小粒子。分子与原子都是构成物质的一种粒子，质量和体积都非常小，彼此间有间隔，在不停地运动，都既有种类之分，又有个数之别，都不显电性。分子总是在不断的运动。
原子指化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。但在物理状态中可以分割。原子由原子核同核内电子和核外电子构成。因此具有核式结构。原子的质量极小，一般为-27次幂，质量主要集中在质子和中子上。
