元朝时为加强对西域地区的管辖而设置了北庭都元帅府。元朝是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝，统治者为蒙古孛儿只斤氏。定都大都（今北京），传五世十一帝，从1206年成吉思汗建立蒙古政权始为162年，从忽必烈定国号元开始历时98年。元朝退出中原后的北元政权一直持续到1402年。
北庭都元帅府元太祖十三年（1218）内附，宪宗元年（1251）置别失八里等处行尚书省，驻忽毡，辖畏兀儿地区；至元十四年（1277）归元朝所有，徙阿里麻里行中书省更名别失八里行中书省来治；至元十五年（1278）置提刑按察司；至元十八年（1281）改畏兀儿断事官置北庭都护府。至元二十年（1283）置别失八里宣慰司；至元二十三年（1286）置别失八里和州等处宣慰司都元帅府，领天山南路，不属任何行省。贞元元年（1295）置北庭都元帅府，领天山北路。
元朝简介1206年，成吉思汗统一蒙古各部，建立大蒙古国。先后攻灭西辽、西夏、花剌子模、金朝等政权。蒙哥汗去世后，引发了阿里不哥与忽必烈的汗位之争，促使大蒙古国分裂。1260年忽必烈即汗位，建元“中统”。1271年，忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意改国号为“大元”，次年定都大都。1279年，彻底灭亡南宋流亡政权，结束了自唐末以来长期的混乱局面。
之后元朝持续对外扩张，进攻日本、缅甸、越南、爪哇等，但均遭失败。元朝中期皇位继承紊乱、政变频繁，政治始终未上正轨，而且汉化迟滞，发展不前。后期政治腐败，权臣干政，民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，导致元末农民起义。
1368年，朱元璋建立明朝，随后北伐驱逐元廷攻占大都。此后元廷退居漠北，史称北元。1402年，元臣鬼力赤篡夺政权建立鞑靼，北元灭亡。
