真菌可以分为酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌）。真菌是一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。目前已经发现了十二万多种真菌。真菌独立于动物、植物和其他真核生物，自成一界。
1.酵母菌
酵母菌一般指酵母，酵母是基因克隆实验中常用的真核生物受体细胞，培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母是一种单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。一种肉眼看不见的微小单细胞微生物，能将糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，是一种典型的异养兼性厌氧微生物，在有氧和无氧条件下都能够存活，是一种天然发酵剂。
2.霉菌
霉菌是真菌的一种，其特点是菌丝体较发达，无较大的子实体。同其他真菌一样，也有细胞壁，寄生或腐生方式生存。霉菌有的使食品转变为有毒物质，有的可能在食品中产生毒素，即霉菌毒素。霉菌有着极强的繁殖能力，而且繁殖方式也是多种多样的。虽然霉菌菌丝体上任一片段在适宜条件下都能发展成新个体，但在自然界中，霉菌主要依靠产生形形色色的无性或有性孢子进行繁殖。
3.蕈菌
蕈菌在自然界中还生长着一类肉眼可见的大型真菌子实体，它们属于真菌的子囊菌亚门和担子菌亚门，其中大多数都属于担子菌亚门。蕈菌是真菌中进化最高级的，能产生肉眼可见、供人采摘的子实体，通常包括人们所称的蘑菇、木耳等。古代中国将这种大型的真菌称为“蕈”，这类菌也称担子菌或伞菌，蕈菌和其他真菌的区别在于它们可以产生一种孢子，称为担孢子。
