主要场所是线粒体。有氧呼吸是指细胞在氧的参与下，通过多种酶的催化作用，把葡萄糖等有机物彻底氧化分解，产生二氧化碳和水，释放能量，生成许多ATP的过程。
有氧呼吸三阶段第一阶段：
在细胞质的基质中，一个分子的葡萄糖分解成两个分子的丙酮酸，同时脱下4个[H](活化氢)；在葡萄糖分解的过程中释放出少量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生少量的ATP。这一阶段不需要氧的参与，是在细胞质基质中进行的。
第二阶段：
丙酮酸进入线粒体的基质中，两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下，共脱下20个[H]，丙酮被氧化分解成二氧化碳；在此过程释放少量的能量，其中一部分用于合成ATP，产生少量的能量。这一阶段也不需要氧的参与，是在线粒体基质中进行的。
第三阶段：
在线粒体的内膜上，前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个氧气结合成水；在此过程中释放大量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生大量的能量。这一阶段需要氧的参与，是在线粒体内膜上进行的。
有氧呼吸与无氧呼吸异同相同点：
都需要酶的催化，反应场所都有细胞质基质，都能产生ATP，都经过生成丙酮酸的反应，反应过程中都能产生[H]。
不同点：
1.场所不同，有氧呼吸主要在线粒体中，无氧呼吸主要在细胞质基质中。
2.有氧呼吸要氧气，无氧呼吸不要。
3.产物不同，有氧呼吸产物：CO2+H2O+ATP；无氧呼吸产物：CO2+H2O+酒精或CO2+乳酸。
