1、从基因文库中获取目的基因；2、cDNA文库；3、反转录法；4、人工合成法。目的基因，也称靶标基因，是指在实验中研究或操纵的特定基因。在基因克隆过程中目的基因就是要分离、纯化、克隆并转化到生物体的那个可以带来预期表型性状如抗虫或耐除草剂的基因。
目的基因获得方法是取得含有所需生物学功能或编码所需产物结构基因的DNA片段的方法。1969年贝克威思等从大肠杆菌中分离出了乳糖操纵子DNA，以后有不少科学家用生物学方法、物理化学方法分离出许多纯化的基因。但总的来看为数不多。
1970年首次完成了77对碱基的酵母丙氨酸tRNA基因的全合成；1973年又合成了126对碱基的酪氨酸tRNA的结构基因。但上述两次合成的基因都不能得到表达。1976年8月成功地合成了能表达功能的人工基因——193对碱基的大肠杆菌酪氨酸tRNA基因。自此以后人工合成基因的报道不断出现。
