蛋白质三级结构指一条多肽链在二级结构或者超二级结构甚至结构域的基础上，进一步盘绕，折叠，依靠次级键的维系固定所形成的特定空间结构称为蛋白质的三级结构。
蛋白质的三级结构蛋白质分子处于它的天然折叠状态的三维构象。三级结构是在二级结构的基础上进一步盘绕，折叠形成的。三级结构主要是靠氨基酸侧链之间的疏水相互作用，氢键，范德华力和静电作用维持的。
蛋白质三级结构的特点1.含多种二级结构单元；
2.有明显的折叠层次；
3.为紧密的球状或椭球状实体；
4.分子表面有一空穴（活性部位）；
5.疏水侧链埋藏在分子内部，亲水侧链暴露在分子表面。
蛋白质的结构蛋白质是以氨基酸为基本单位构成的生物高分子。蛋白质分子上氨基酸的序列和由此形成的立体结构构成了蛋白质结构的多样性。蛋白质具有一级、二级、三级、四级结构，蛋白质分子的结构决定了它的功能。
