南京重点高中有南京外国语学校、南京师范大学附属中学、南京市金陵中学、南京市第一中学、南京市中华中学、南京市第十三中学、南京市第二十九中学等。
南京外国语学校南京市第一中学创办于1963年。1990年，南京外国语学校被评为江苏省重点中学。学校位于南京市玄武区北京东路，是全国首批外国语学校，是江苏省重点中学，是教育部批准的具有推荐保送生资格的外国语学校之一，也是北京大学“中学校长实名推荐制”和清华大学“领军计划”自主招生的入选学校之一。
南京师范大学附属中学南京师范大学附属中学简称南师附中，902年，清朝两江总督张之洞奏设三江师范学堂并设附属中学堂，三江师范学堂附属中学堂由此创办，并伴随中国近现代教育一起成长，被誉为“中国基础教育发展的缩影”。南京师范大学附属中学是江苏省教育厅直属公办高级中学、江苏省重点中学、江苏省模范学校、ISC国际学校联盟成员学校，也是首批国家级示范高中，二十世纪六十年代列为国家教育部教改全国三座试点学校之一。
南京市金陵中学金陵中学创建于1888年（清光绪十四年），当时为汇文书院。1956年，被南京市教育局确立为南京市重点中学。1960年，被确立为实行五年制教改试点学校之一。2004年，金陵中学被评为江苏省首批四星级高中。学校还先后获得江苏省模范学校、江苏省德育先进学校、国家级示范高中等荣誉。
