三本大学一般学费是2万到12万不等。三本院校的学费按照学校、专业的不同而不同，即使同为三本院校，民办高校与独立学院之间，或不同区域内的三本院校，都存在较大的学费差异，最高相差超过1万元。
三本大学学费位于沿海发达城市的三本院校，收费普遍较高，普遍本科专业的学费每年多在1．6万元，个别专业甚至高达1．8万元。而位于西部内陆等经济欠发达省份的独立学院、民办高校学费相对较低，多数普通本科专业的学费都低于1万元。民办高校、独立学院普通本科专业的学费多在1万元到1．3万元之间。独立学院每年须向母体高校交纳学生学费的20％至30％作为“品牌使用费”，是造成独立学院学费普遍高于民办高校的一个重要的原因。而全国不同地区办学成本的差异，是造成院校之间学费差异的另一个重要原因。
