民办和独立学院的区别是办学主体不同、办学层次不同、学校名称不同、学历证书不同。从办学主体来看，民办院校的办学主体是社会力量办学，包括个人或者社会机构办学；独立学院的办学主体是普通高校，合作者是社会力量。民办院校是按照民办教育促进法设立的，独立学院是教育行政规章设立的。
一、办学主体不同
民办院校的办学主体是社会力量办学，包括个人或者社会机构办学；独立学院的办学主体是普通高校，合作者是社会力量。民办院校是按照民办教育促进法设立的，独立学院是教育行政规章设立的。
独立学院是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合伙创立，因此独立学院一定是本科。而民办高校中专、本科都有。
从学校名称上看，民办院校都有自己的校名，而独立学院则是设立在某一个大学名下，比如厦门大学嘉庚学院、四川大学锦江学院、吉林大学珠海学院、燕山大学里仁学院、中国传媒大学南广学院等。
独立学院和民办院校的毕业生都可以获得国家承认的学历证书，毕业证书均可以在中国高等教育学生信息网上查询得到。但是，独立学院毕业证书上加盖的是某某大学某某学院的印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有自己学校校名的印章。而民办院校的毕业证书上印章就是学校校名。
