马克思恩格斯认为宗教的根源有自然根源、社会根源、认识根源。马克思认为，宗教是人的异化形式，宗教的本质就是人的本质，是“人创造了宗教，而不是宗教创造了人”。
马克思恩格斯认为，宗教根源于社会物质生产方式，根源于人与自然、人与人之间关系的不合理，根源于自然力量和社会力量对人成为盲目起作用的、异己的力量。
首先是自然根源，自然力对于最初的人来说是某种异己的、神秘的、超越一切的东西，这种自然力被人格化，于是“最初的神产生了”。自然根源是宗教产生和发展的最基本根源，是自然宗教的产生和形成的基础。
其次是认识根源，主要指宗教源于人们对外部自然界虚幻的认识，认识根源是宗教产生和发展的深层次根源，在思维层面表现出人与自然关系的一种歪曲的、错误的反映。
再次是社会根源，主要指除了自然力量之外，社会力量也逐渐发挥了作用，例如在阶级社会，“被剥削阶级在跟剥削者斗争时的软弱无力，必然会产生对优美的来世生活的信仰，正如野蛮人在跟大自然斗争时的软弱无力会产生对上帝、魔鬼、奇迹等的信仰一样”。社会根源是宗教产生和发展的最主要的根源，表现出阶级社会人们对社会异己力量的尊崇和敬畏。
