发证单位不同：“医师资格证书”由卫生部颁发；“医师执业证书”由当地卫生局取得医师资格证书后颁发。有效期不同：《医师资格证书》为永久有效；持有《医师执业证书》的人员违反有关规定的，证书注销。
《医师资格证书》属于对医疗技术的认可，证明持有人具有独立从事医疗活动的技术和能力。医师资格证书是通过行业准入考试取得的证书。医师资格证书考试是评价申请人是否具备从事医师工作所必需的专业知识和技能的考试。它可以对申请医生的专业知识进行评价。
“医师执业证书”是指允许您在某医院行医，并规定您的执业范围，是一种行政认可。医师执业证书也是决定医师是否具有执业资格的最重要标准。所谓未取得执业许可证的“医生”，属于“非法执业”行为。
医师行医，必须先参加执业医师资格考试，取得《医师资格证书》。持《医师资格证书》到个人工作医院所在地卫生局登记领取《医师执业证书》。只有取得两个证书，他们才有资格行医。
