曲阜中医药学校开设的专业齐全，招生层次分为两种。一种是三二连读大专，学制五年，包括护理、中药、康复治疗技术专业。另一种是普通中专，其中中医、护理、中医护理、农村医学是三年制，中药、中药制药、药剂、中医康复保健、康复技术、口腔修复工艺、美容美体这些专业分为三年制和二年制，三年制面向应、往届初中毕业生，二年制面向应、往届高中毕业生。
三二连读大专毕业去向：1、专升本考试。2、医药企业、医疗机构和药品经营部门从事药品经营、中药调剂及中药鉴定等工作。3、综合医院、康复中心、保健服务中心、社区卫生服务机构从事护理、康复治疗等工作。、普通中专毕业去向：1、可参加中医类别医师资格考试。须到乡镇卫生院、村卫生室等基层医疗机构执业。2、对口高职升学考试。3、综合医院、康复中心、美容美体中心、保健服务中心、社区卫生服务机构从事护理、口腔修复、美容美体、康复保健等工作。4、医药企业、医疗机构和药品经营部门从事药品经营、中药调剂、中药制药等工作。
不仅如此，曲阜中医药学校合作单位有省内57所县市级以上的一流教学实习医院，就业率达到百分之九十九。
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