综合应用能力和申论的适用范围、考查能力、考试题型、材料呈现、答题难度和解题思路都有区别。从考试题型来看，综合应用能力考试包括除了申论中基本题型外，还增加了校阅改错题、认证评价题、科技文献阅读及科技实务题等。
从适用范围来看，申论考试面向公务员，考查社会共性问题，比如教育改革，更多侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性。而综合应用能力考试面向事业单位，考查考生在某一领域内、专业性更强，实际解决问题的能力，处理具体问题。
从考查能力来看，五大基本能力是相同的，但申论侧重于整体性，是政策和方向上的，综合应用能力会考查到具体角色，侧重某一领域的某一件事情的处理。
从材料呈现来看，申论一般是一个长材料，然后考核小题和大题，而综合应用能力一般是几个短些的材料，每一个材料后边有一道或两道小题或大题。综合应用能力当中的B、C两类材料要求专业性更强。
从答题速度来看，申论侧重于考查政务热点和焦点问题，材料相对集中。综合应用能力由于材料较少，出题更灵活，考核范围更加广泛，这也给了考生更多的发挥空间，所以难度更大一些。
从解题思路来看，申论侧重对材料的掌控，强调细抠材料，从材料中找答案。而综合应用能力在立足材料的基础上，需要结合实际情况进行作答。申论强调抄材料，而综合应用能力在多数时候没什么太多可抄的东西。
