共生理论在产业链接与区域合作中的应用是发展生态产业集群的实质。生态产业集群是指特定区位各种社会经济因素和生态因素有机结合，实行资源循环利用和综合利用所形成的经济效率高、生态功能强的新型产业集群；同传统产业集群相比，生态产业集群具有遵循生态规律，整合经济、社会和生态功能，实现资源可持续利用等特征。
从国内外实践来看，目前至少形成了三种比较成熟的生态产业集群模式。
一是主副产业衍生模式，即以一种或多种产业为主产业，从中衍生出多种副产业，彼此配套，实现资源循环利用和综合利用。
二是多种产业共生模式，即在一定区域范围内，两个以上具有共生关系的产业相互依存，共同发展，优势互补。各个产业共生聚集，每个产业都有自己的资源输入和产品输出，同时相互之间利用对方的排放物，实现资源循环利用和综合利用。
三是动脉与静脉产业循环模式，动脉产业是指从原料开采到生产、流通、消费、排放所形成的产业，静脉产业则是指将废弃物转化为再生资源所形成的产业，这两类产业紧密结合，构成完整的循环经济体系。
