创立时间不同（注音是民国时期创造出来给汉字注音的一套拼音系统，汉语拼音是共和国建立后学者创立）；字母形态不同（汉语拼音是以拉丁字母为基础，加以声调符号以标音，注音符号是以汉字为基础，加以简化以标音）。
在现代标准汉语使用的注音有37个（声母21个，介母3个，韵母13个）；汉语拼音一共有63个（声母有23个，韵母有24个，整体认读音节有16个）。
我国原来没有拼音字母，采用直音或反切的方法来给汉字注音。直音是用同音字注明汉字的读音，如果同音字都是生僻字，即使注了音也读不出来。反切是用两个汉字来给另一个汉字注音，反切上字与所注字的声母相同，反切下字与所注字的韵母和声调相同。
