内审和外审在目的、审核组组成、审核计划等多方面都有所不同。内审的目的是从改善内部管理出发，通过对发现的问题采取相应纠正措施、预防措施，推动质量改进；外审的目的是通过对实验室质量管理体系和技术能力的评价，为顾客承认或第三方认可、注册提供依据。
审核组组成不同：内审以实验室的名义组成审核组，由实验室最高管理者或质量主管负责聘任有资格的人员和有关人员实施；外审则由顾客或第三方委派审核组。
审核计划不同：内审可编制集中式或滚动式计划，一年覆盖全部要素和所有部门；外审则编制短期内审核所有要素和相关部门的现场评审计划。
审核员对纠正措施的处置不同：内审对纠正措施可以提建议咨询，可以提方向性意见供参考，内审员对完成情况需跟踪和验证；外审对纠正措施,不能提建议，对整改计划及其落实情况要经审核组长认可，并进行跟踪审核。
