南京医科大学建有五台、江宁以及康达学院连云港校区三个校区；设有19个学院（包含康达学院）；拥有25所附属医院和50多所教学医院。
南京医科大学校区有几个截至2019年3月，学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区；设有19个学院（包含康达学院）；拥有25所附属医院和50多所教学医院；校本部有在职教职工1700多人，其中学校编制专任教师884人；拥有中文（外文）纸质图书、电子图书、全文电子期刊共一千多万册；
一级学科博士点8个、二级学科博士点54个、3个交叉学科博士点；一级学科硕士点12个、二级学科硕士点67个；博士后科研流动站7个；7个学科进入ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。
在全国第四轮学科评估中，学校公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。2018年，学校获得295项国家自然科学基金项目资助，项目数位居独立设置医科大学第1位。
南京医科大学有哪些专业五年制预防医学、五年制医学影像学、五年制临床医学、五年制临床医学（儿科医学）、五年制临床药学、五年制口腔医学、五年制基础医学、四年制应用统计学（生物统计学）、四年制英语、四年制医学检验技术、四年制药学、四年制眼视光学、四年制卫生检验与检疫、四年制生物医学工程；
四年制生物信息学、四年制康复治疗学、四年制护理学、四年制公共事业管理（医药贸易与管理）、四年制公共事业管理（卫生事业管理）、七年制临床医学、七年制临床医学（影像医学与核医学）、七年制临床医学（临床病理诊断学）、七年制临床医学（儿科医学）、七年制口腔医学、六年制公共事业管理（卫生事业管理与法学）、六年制法医学（医学司法鉴定）。
