学院设有10系1部，开设有涵盖农林牧、制造、资源开发与测绘、医药卫生、财经、土建、文化教育、电子信息、轻纺食品、旅游、环保气象与安全、体育、艺术等12大类的39个高职专业和32个中职专业。
2、阿克苏职业技术学院比较好的专业推荐| 推荐专业排名 | 专业名称 | 推荐指数 |
| 1 | 护理 | 4.5 (39人) |
| 2 | 医学检验技术 | 4.7 (25人) |
| 3 | 初等教育 | 4.6 (23人) |
| 4 | 建筑经济管理 | 4.1 (23人) |
| 5 | 助产 | 3.8 (18人) |
| 6 | 计算机应用技术 | 4.7 (17人) |
| 7 | 计算机网络技术 | 4.5 (14人) |
| 8 | 金融与证券 | 3.9 (14人) |
| 9 | 康复治疗技术 | 4.3 (13人) |
