两所大学都是为全国知名大学，同属于985大学。因为地域差异，其实也没有太大的可比度。在全国高校的综合排名上，四川大学似乎是超过了东南大学，但是具体的学科排名上，东南大学的强势学科又超过了四川大学。
东南大学：
在2012年教育部学位中心组织的第三轮全国学科评估中，15个学科进入前20%，有12个学科进入全国前七位，有10个学科位列全国前五位，其中生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论等3个学科位列全国第一位，建筑学、电子科学与技术、风景园林学等3个学科位列全国第二位，土木工程、城乡规划学等2个学科位列全国第三位，信息与通信工程位列第四位，仪器科学与技术位列第五位，动力工程及工程热物理位列第六位，公共卫生与预防医学位列第七位，排名第一的学科数并列全国高校第七位。
四川大学：
同样，在2012年教育部学位中心组织的第三轮学科评估中，四川大学参评的56个学科中，排位百分位前5%的学科有1个，为口腔医学，第三次获得全国同类排名的第一位；排位百分位前10%的学科有3个，除口腔外，分别为护理学、数学 ；排位百分位前15%的学科有 17 个，除上述学科外，分别为新闻传播学、材料科学与工程、临床医学、马克思主义理论、考古学、生物医学工程、药学、化学、化工、艺术学理论、生物学、法学、软件工程、中西医结合。
东南大学在全国学科排位中有三门学科排第一位，作为偏向工科强项的东南大学，艺术学理论专业排学科第一位，也说明在某一方面东南大学在文科方面有其强势专业。四川大学排名第一位的学科只有一门，为口腔医学。当然，四川大学在排前15%的专业学科中有新闻传播学、马克思主义理论，艺术学理论、法学等专业排名靠前，说明其文科方面还是有着比较多的强项。东南大学可能是觉得工科才是他们的强项，并没有给出更多的其他专业的情况，不过，有那么多的全国领先专业，又何必在乎是否还有其他呢？人家本来就是偏工科类的高校嘛，学贵以专，这个道理相信谁都懂的。
