众所周知，教育公平是最基本的公平，也是社会公平的重要保障。但经过几十年的发展，回头看“985”、“211”高校的分类，确实导致教育资源分配严重不公:
以教育投入的财政支持为例，“985”和“211”高校获得的财政支持远超非“985”和“211”高校:新京报曾研究过985和“211”高校中科研经费最多的清华大学和非“985”和“211”高校中科研经费最多的西南石油大学，发现清华大学的科研经费最多。可以看出，在财政拨款方面，两个科研基金的财政支持相差23倍以上。然而，这些教育投入并没有达到预期的效果。从学校和学科来看，很多非“985”和“211”大学都优于“985”和“211”大学。因此，一些“985”和“211”大学未能拔得头筹，而一些非“985”和“211”大学却在资源配置极度不平衡的情况下表现出色。然后引起了非“985”“211”高校的极大反感，不公平现象尤为突出。
例如，在学校排名方面，笔者对比了2019年中国大学百强榜单和“211”工科大学榜单，发现北京协和医学院排名31，山西大学排名75，首都医科大学排名79，华南农业大学排名84，河南大学排名89，浙江工业大学排名93，福建师范大学排名94，深圳大学排名98，未能进入“211”工程。湘潭大学、哈尔滨医科大学、南方医科大学、河北大学、南京大学、扬州大学、燕山大学等10所高校未能进入“211”工程。相应地，排名第144位的石河子大学等18所“211”工科大学未能挤进榜单前112名。对非“985”、“211”高校湘潭大学的具体分析显示，论文被SCI、EI收录数量和论文被国际引用数量稳定在全国70篇左右，其中SCIE连续5年位居湖南省省属高校首位。五年来，共签订横向科技开发项目324个，申请专利259项。科研成果转化率居湖南省高校前列。其本科培养质量排名全国第45位，研究生教育竞争力排名第77位，毕业生就业率一直保持在91%以上。这些突出的成绩都说明，一些非“985”、“211”高校受到了国家财政的不公平待遇，但发展却喜人，不能不增添不公平的色彩。在学科方面，笔者发现南京信息工程大学的大气科学一级学科已经超越北大、南京大学等名校，综合实力排名第一。在第一轮学科评估中，一些非“985”和“211”大学的排名远远高于“985”和“211”大学。如成都理工大学的地质资源与地质工程学科名列前茅，山东农业大学的园艺学和成都中医药大学的中医学位列“教育部一级学科排名”前三。此外，湖南大学应用经济学专业的丁岚在其导师、湖南大学经济与管理研究中心主任、原湖南大学985工程首席专家李海正教授的指导下，完成了《985工程实施效率及影响因素研究》的博士论文。文章指出，非985高校在图书生产率、本科和研究生产出效率、博士培养效率、本科教学生产率等方面均优于985高校。从以上分析不难看出，一方面，国家对“985”和“211”高校的投入成本和最终收益并不构成最优，这在一定程度上造成了不合理性。另一方面，一些非“985”和“211”大学表现良好但未能获得国家财政的大力支持，而一些获得国家财政大力支持的“985”和“211”大学却落后于非“985”和“211”大学，这又造成了不公平。此外，由于专项资金是由专家根据提交的材料进行审批，而不是公开竞争，必然会出现监管的缺失，导致权力寻租空的出现，也产生了一系列违法现象。
